Malgré sa latitude, l'Afghanistan connaît des conditions climatiques dures et contrastées, dues à la conjugaison de deux éléments déterminants : la présence de nombreux hauts reliefs, et sa position enclavée à l'intérieur du continent asiatique.
Les amplitudes thermiques sont considérables : les températures peuvent passer du gel au petit matin à presque 38 °C à midi. On relève des températures allant en été jusqu'à 49 °C dans les vallées septentrionales. Dans l'Hindu Kush, à moyenne altitude, des températures de -9 °C sont courantes en hiver.
Le pays connaît de grandes disparités climatiques régionales :
Kaboul (située à 1 795 m) connaît des hivers froids mais des étés agréables;
Jalai-Kut (à 585 m d'altitude) bénéficie d'un climat subtropical, tandis que celui de Kandahar (1 006 m) est tempéré.
L'Afghanistan est un pays aride.
La moyenne des précipitations annuelles est de 305 mm, mais elles peuvent être quasiment inexistantes dans les cuvettes désertiques du sud (Registan, Sistan), qui sont de surcroît soumises à de fréquentes tempêtes de sable.